Pierwsza wzmianka o Głubczynie pochodzi z 1358 roku. Podaje o tym dokument historyczny „Osadnictwo historycznej Krajny” oraz „Kodeks dyplomatyczny Wielkopolski” (tom 1-5), Poznań 1877-1908. W Archiwum Głównym Skarbu Koronnego Akt Dawnych w Warszawie czytamy, że w 1576 roku w Głubczynie była karczma, a w 1578-1581 młyn o dwóch kołach walnych i dwóch rzemieślników. W 1618 roku był w Głubczynie młyn o dwóch kołach, a w 1773 roku młyn o jednym kole, karczma i kowal.
Nad jeziorem Głubczyn Mały (od strony Maryńca) odkopano cmentarzysko z okresu kultury pomorskiej, ze śladami wpływu kultury łużyckiej sprzed 2500 lat. Wykopane urny, ceramika użytkowa oraz zrekonstruowane groby skrzynkowe można zobaczyć w Muzeum Ziemi Złotowskiej.
Wieś w swojej historii przyjmowała różne nazwy: Główczyn (od głów=dziedziców, czyli właścicieli dóbr głubczyńskich), Głubczyno, a w okresie niewoli pruskiej i niemieckiej: Glubschin, Steinau, Strusendorf (część wsi od nazwy rzeczki- Strużnica), po 1945 roku- Głupczyn, a od roku 1975- Głubczyn- od położenia wsi w zagłębieniu terenowym, w dolinie, wśród jezior.
Wieś ma ukształtowanie tzw. okolnicy, ponieważ zabudowania są usytuowane dookoła jeziora wiejskiego.
Około 1,5 km na południe od Głubczyna rozlewają swoje wody jeziora: Głubczyn Wielki (31 ha) i Głubczyn Mały= Jezioro Białe (23 ha). Jeziora od prastarych dziejów należały do rodziny Ryczków. Obecną właścicielką jest wnuczka Józefa Ryczka- pani Ewa Smolarz.
Ziemia Głubczyńska to klucz rozległych posiadłości sięgających w głąb dawnego powiatu wyrzyskiego, granicząca z Ziemią Złotowską. W XV wieku właścicielami Ziemi Głubczyńskiej byli Grzymułtowscy, Kościelec – Kościelecki, Grudzińscy, Grabowscy, Bojanowscy (do 1885 roku).
Po I rozbiorze Polski (1772) ziemie te stopniowo dostawały się pod wpływy pruskie, ulegają zgermanizowaniu.
Parafia głubczyńska została utworzona przez opata Cystersów Andrzeja Kościelec-Kościeleckiego (1588 r.) -właściciela dóbr głubczyńskich. Ufundowany kościół był budowlą drewnianą pod wezwaniem św. Jana Chrzciciela. Fundacja parafii i probostwa została potwierdzona przez arcybiskupa gnieźnieńskiego Stanisława Karnkowskiego. Obecny kościół parafialny zbudowany został w latach 1869-1871 w stylu neogotyckim, przez Bojanowskich. W górnej części ołtarza znajdują się herby Grabowskich i Bojanowskich, ostatnich właścicieli Głubczyna. Od założenia parafii do okupacji hitlerowskiej w 1939 roku proboszczami byli Polacy. Dla ewangelickich mieszkańców Głubczyna w 1910 roku został wybudowany drugi kościół.
Szczególną rolę w utrzymaniu języka polskiego i polskości na tych ziemiach w okresie 173 letniej niewoli pruskiej i niemieckiej odegrali księża ks. Jankowski oraz patron głubczyńskiej szkoły, ks. Maksymilian Grochowski.
Pierwsza wzmianka o szkole polskiej w Głubczynie pochodzi z 1653 roku. Nauczycielem był Krzysztof Trudnik. W 1825 roku powstaje szkoła ewangelicka dla dzieci niemieckich. W 1836 roku powstaje szkoła katolicka, tzw. organistówka, którą wybudował ks. Wawrzyniec Łukowski, a 20 października 1930 roku, na gruncie Wojciecha Hermanna zostaje otwarta Katolicka Szkoła Polska. Nauczycielami byli: Julian Gliszewski i Alojzy Biedrzycki.
W okresie międzywojennym 1918-1939 Głubczyn był wsią Pogranicza. Granica przebiegała w odległości 2-3 km wzdłuż jezior: Głubczyn Mały i Głubczyn Wielki oraz łąkami położonymi na terenie wsi Stare.
1 września 1939 roku około godziny piątej oddziały niemieckie wkroczyły do wsi Stare i Maryniec leżących po stronie polskiej. Pierwszą ofiarą wojny był mieszkaniec Maryńca Kazimierz Bator (21 lat), który został zastrzelony rankiem, 1 września 1939 roku. 29 stycznia 1945 roku do Głubczyna wkroczyły wojska radzieckie i wyzwoliły wieś.
W latach 60-tych w Głubczynie pozostał jeszcze w niezłym stanie dom z XVII wieku, kryty słomą, który skrupulatnie rozebrano i przewieziono do skansenu w Osieku. Tam stoi w całej swej okazałości, jako świadek przeszłości klucza dóbr głubczyńskich.